Além da marca da dualidade estrutural que acompanhou sua trajetória, a EPT também apresentava outras desigualdades: questões de gênero, de etnia e raça, de inclusão, que afetam os direitos da população afro-brasileira, indígena, LGBTQIA+ e pessoas com deficiências, por muito tempo invisibilizados e/ou estereotipados por uma visão hegemônica de sociedade. Entre as tentativas do IFRS para superar essa desigualdade foi criada a Consultoria de Ações Inclusivas (2010), pela portaria n.º 168/2010.
